Walka o powrót do elity
Początek XXI wieku dla Zagłębia Sosnowiec to okres próby powrotu do grona najbardziej elitarnych drużyn w kraju. Zadanie to było realizowane ze zmiennym szczęściem. W sezonie 2000-01 drużyna prowadzona przez Władysława Szaryńskiego i Jerzego Dworczyka zajęła 13. miejsce w II lidze (obecna I liga). W następnym sezonie zespół prowadzony przez Franciszka Krótkiego, a potem przez Leszka Baczyńskiego - który łączył rolę trenera i Dyrektora Sportowego - zakończył zmagania na 17. pozycji i spadł z II ligi. Rozłąka z tym szczeblem rozgrywek nie trwała jednak długo. Już w pierwszym sezonie po spadku podopieczni Krzysztofa Tochela zajęli 2. miejsce w tabeli ze stratą 4. punktów do lidera, którym został Piast Gliwice. Sezon 2003-04 piłkarze Zagłębia zakończyli na pierwszej pozycji dystansując drugi Śląsk Wrocław o 12 punktów. Bezpośredni mecz w rundzie wiosennej zakończył się wynikiem 3:0 dla Zagłębia, a bramki zdobyli Ujek, Kożmiński i Rak. Spotkanie to ściągnęło rekordową frekwencję na tym szczeblu rozgrywek, która wyniosła ponad 14 000 widzów. Zagłębie zagrało w tym meczu w składzie: Rydel - Rak, Treściński, Drzymont, Antczak - Skrzypek (73. Malinowski), Stemplewski (83. Jajeśniak), Lachowski, Chwalibogowski (46. Łuczywek) - Ujek, Stolpa (62. Koźmiński).
W latach 2003-2007 prezesem klubu był Giancarlo Motto wspierany przez dyrektora sportowego Wojciecha Rudego. W pierwszym sezonie po powrocie na drugi szczebel rozgrywek drużyna zajęła 7. pozycję (trener Krzysztof Tochel). Rok później (2004-05) - zespół prowadzony był przez Krzysztofa Tochela i Janusza Białka - Zagłębie zajęło 5. pozycję. W rozgrywkach 2006-07 sosnowiczanie prowadzeni byli przez trzech trenerów: Janusza Białka, Jerzego Dworczyka i Roberta Moskala. Na koniec zmagań drużyna w składzie Adam Bensz, Szymon Gąsiński, Boris Peškovič, Admir Adžem, Dženan Hošić, Arkadiusz Kłoda, Adrian Marek, Jacek Paczkowski, David Topolski, Daniel Treściński, Vladimír Bednár, Jacek Berensztajn, Hubert Kościukiewicz, Marcin Lachowski, Adrian Mierzejewski, Sławomir Pach, Jarosław Piątkowski, Dawid Skrzypek, Tomasz Szatan, Marcin Folc, Przemysław Oziębała, Krystian Prymula, Hadis Zubanović zajęła 4. pozycję i awansował do Ekstraklasy.
Sukces odniosła także druga drużyna, która zajęła pierwsze miejsce w rozgrywkach A-klasy i awansowała do Ligi Okręgowej w składzie: Korcipa, Marek, Ambrozik, Heyda, Wolny, Bujak, Gunerka, Szperna, Gmaj, Jaszczyk, Pamuła, Osypiński, Jaszczenko, Stanowski, Garbacik, Białkowski, Kuczma, Głośny, Kohut, Gręda, Czwarnowski.
W klubie następowały kolejne roszady kadrowe. Na stanowisko prezesa powrócił Leszek Baczyński, który został zmieniony przez Pawła Hytrego. W sezonie 2007-08 za wyniki odpowiadało czterech trenerów: Jerzy Kowalik, Romuald Szukiełowicz, Andrzeja Orzeszek oraz Piotr Pierścionek. Drużyna zajęła 16. pozycję w tabeli i musiał opuścić szeregi ekstraklasowych drużyn. Zespół rezerw nie wystartował w klasie okręgowej, gdyż brał udział w rozgrywkach Młodej Ekstraklasy zajmując 13. pozycję na koniec rozgrywek.
W Młodej Ekstraklasie Zagłębie reprezentowali: Marcin Jaszczyk, Bartosz Muc, Paweł Pamuła, Jakub Rybus, Wojciech Białek, Miłosz Bujak, Patryk Dzieniszewski, Adrian Gałuszka, Maciej Garbacik, Marcin Grunt, Paweł Gunerka, Michał Materla, Tomasz Mazur, Mateusz Wikliński, Krystian Białkowski, Mateusz Borek, Sebastian Hajduk, Patryk Korcipa, Bartosz Kucza, Robert Kuta, Piotr Piórecki, Konrad Podobiński, Marcin Sierczyński, Piotr Wolny, Marcel Bijak, Kamil Głośny, Hubert Gmaj, Dariusz Kohut, Bartosz Mizia, Daniel Niedzielski, Sebastian Stefański, Rafał Strojek.